El juicio se desarrollará bajo las pautas del anterior Código Procesal Penal, por tratarse de una causa "de transición", y estará a cargo de la ex Cámara Criminal Segunda de Roca, presidida por la jueza María Evelina García Balduini. El Tribunal se completará con los magistrados Gastón Martín y Oscar Gatti.
La acusación del Ministerio Público estará a cargo de la Fiscal Jefe Teresa Giuffrida, mientras que la acusación privada recaerá en los abogados por la parte querellante Leandro Aparicio y Sergio Heredia. Las defensas serán ejercidas por los defensores particulares Pablo Barrionuevo, Pablo Iribarren, Oscar Pineda y Ricardo Thompson y por el defensor público Gustavo Viecens.
Debido a la gran cantidad de testigos previstos para el debate, el juicio se desarrollará con una frecuencia de dos audiencias semanales (los días martes y jueves, con horarios extendidos), estimándose la recepción de unas 10 declaraciones por día. Esta previsión, cabe anticipar, está sujeta a eventuales modificaciones en función de necesidades del servicio de Justicia que atañen tanto a los jueces como a los funcionarios del Ministerio Público y a los abogados particulares que participan del juicio.
El juicio se llevará a cabo con especiales previsiones en materia de seguridad y con resguardo de las declaraciones testimoniales que se brinden a lo largo de cada audiencia. A pedido de las partes, todo quedará, además, registrado en los sistemas de audio y video del Poder Judicial.
En el caso se encuentran firmes las imputaciones respecto de los efectivos policiales Sandro Gabriel Berthe, Pablo Federico Bender y Juan Francisco Barrera como presuntos coautores del delito de desaparición forzada de personas en concurso real con vejaciones; Pablo Andrés Albarrán Cárcamo, Pablo Roberto Quidel y Diego Vicente Cuello como presuntos partícipes primarios en el delito de desaparición forzada de personas, en concurso ideal con el delito de incumplimiento de los deberes de funcionario público, como presuntos coautores, y de Héctor César Martínez como presunto partícipe secundario en los delitos de desaparición forzada de personas en concurso real con vejaciones, y en grado de autor por los delitos de abuso de autoridad, en concurso ideal con falsedad ideológica.
Cabe señalar que la medida de vaciamiento del jagüel en Choele Choel se desarrolla en el marco del expediente por "actuaciones complementarias" a la causa principal, a cargo del juez de Garantías del Valle Medio Roberto Gaviña, por lo que su pendencia no impide la realización del juicio oral y público por la investigación central del caso.